<?php

$dir = realpath(dirname(__FILE__));
$files = array();
$hashes = array();
$dupes = array();
if (($handle = opendir($dir)) !== false) {
   while( ($file = readdir($handle)) !== false) {
      if ($file !== '.' and $file !== '..') {
         if ( ! is_dir( $file = $dir . DIRECTORY_SEPARATOR . $file)) {
            $files[] = $file;
            $hashes[] = md5_file($file);
         }
      }
   }
}
foreach (array_count_values($hashes) as $key => $value) {
   if ($value > 1) {
      $_dupes = array();
      foreach (array_keys($hashes, $key) as $name) {
         $_dupes[] = $files[$name];
      }
      $dupes[] = $_dupes;
   }
}

echo '<pre>' . print_r($dupes, 1) . '</pre>';