Sem2
Можно и обычную версию сделать портэбл, т.е. она будет хранить настройки у себя в папке с программой.
Для этого, рядом с filezilla.exe создайте текстовый файл fzdefaults.xml
его содержимое надо сделать примерно таким
Код:
<FileZilla3>
<Settings>
<Setting name="Config Location">config_folder/</Setting>
</Settings>
</FileZilla3>
так указывается папка для хранения конфиг файлов относительно екзешника, в данном примере это config_folder, скопируйте/переместите в эту папку все файлы из %appdata%/FileZilla(точный путь не помню) и все.