Sterx
1. если flv два раза прогнать через flvtool - метаинформация добавится, перзапишется, похерится если уже была в исходнике? это к тому что проверять ее наличие или нет
2. киньте на внятный мануал к mencoder. Как к примеру определить в исходнике аспект ратио, длительность, кодек, размер. Научился определять через ffmpeg, но по почерпнутой инфе он вроде не все кушает