Методом научного тыка определил, что причиной был index.php, сравнил файлы от стандартной темы и моей на уровне интуиции подправил и теперь на блоге только две страницы, но они разные.
<div class="box">
<?php
$the_query = new WP_Query('cat=-'. $ex_feat . ',-' . $ex_vid . '&showposts=' . $showposts . '&orderby=post_date&order=desc');
$counter = 0;
while (have_posts()) : the_post();
?>
<?php $counter++; ?>
<div class="post-alt blog" <?php if ( ($counter == 4) ) { echo 'style="background:none !important;margin-bottom:0 !important;"'; ?><?php } ?>>
<h2><a title="Permanent Link to <?php the_title(); ?>" href="<?php the_permalink() ?>" rel="bookmark"><?php the_title(); ?></a></h2>
<h3 class="post_date">Posted on <?php the_time('d F Y'); ?></h3>
<hr style="clear:both;" />
<div class="entry">
<?php the_content('<span class="continue">Continue Reading</span>'); ?>
</div>
<h3 class="posted">Posted in <?php the_category(', ') ?><span class="comments"><?php comments_popup_link('Comments (0)', 'Comments (1)', 'Comments (%)'); ?></span></h3>
</div><!--/post-->
<?php endwhile; ?>
<div class="fix"></div>
<?php if(function_exists('wp_pagenavi')) { wp_pagenavi(); } ?>
</div>