Gourad
Полчасика вполне так может.
Если фря то в /etc/rc.conf
fsck_enable="YES"
fsck_y_enable="YES"
background_fsck="YES"
обычно достаточно первого пункта. Оно по дефолту работает в бэкграунде.
zuborg
Вообще-то время fsck зависит больше от кол-ва файлов, чем от обьема винта, и от типа файловой системы, чем от версии линукса.
Ещё может быть что винт умирает, тогда его скорость может быть на порядки ниже нормы, а некоторые участви вообще могут читаться часами или просто не читаться.