$replace_list = file("*.txt");//список строк, каждое значение - новая строка
$count_replace_list=0;
if ($handle = opendir($cat)){ //твой каталог с php файлами
    while (false !== ($file = readdir($handle))) {
               if (strstr($file, ".php")){
                   $curr_file=file($file);
                   foreach($curr_file as $key=>$value)
                          {
                          if($key==1){$curr_file[1]=$replace_list[$count_replace_list];}
                          }
                        $file_save = fopen( $file, "w");
                       fwrite( $file_save, implode("\n",$curr_file));
                   fclose( $file_save );
                        $count_replace_list++;
                  }
    }
    closedir($handle);
   }